《中国海洋药物》杂志目前被以下数据库收录：

CA 化学文摘(美)(2020)

CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(2021-2022年度)(扩展版)

WJCI 科技期刊世界影响力指数报告（2021）

JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)(2018)

ASFA 联合国《水科学和渔业文摘》

WPRIM WHO西太平洋地区医学索引

北京大学《中文核心期刊要目总览》（2011）

期刊荣誉：Caj-cd规范获奖期刊

中国知网CNKI(2021)复合影响因子：0.669

中国科技期刊(2020)核心影响因子：0.405

注：《科技期刊世界影响力指数（WJCI）报告》2021版是由中国科学技术信息研究所、《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司、清华大学图书馆、万方数据有限公司、中国高校科技期刊研究会、中国科学技术期刊编辑学会联合研制的一份体现世界期刊同台竞技结果的期刊评价报告。该报告是中国科协课题《面向国际的科技期刊影响力综合评价方法研究》《科技期刊世界影响力指数（2021版）研制》的研究成果。

        项目组从世界各国R&D投入、科研论文产出、科研人员数量、期刊规模和水平四个维度确定各国入编来源期刊的比例； 确定了应从全球正在出版的约6万种科技学术期刊中精选1.5万种左右为来源期刊的目标，以确保来源期刊是各国最具地区代表性、学科代表性、行业代表性的优秀期刊。

        2021版经严格评议，收录全球科技期刊14665种为来源，其中中国期刊1584种。