《中国海洋药物》杂志作为国内唯一具有海洋特色的药学学术期刊，被以下数据库收录：

美国《化学文摘》（CA）

联合国《水科学和渔业文摘》（ASFA）

WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）

中国科学引文数据库(CSCD)的来源期刊

中国科技核心期刊（CJCR）

最新影响因子如下：

2018年

1.据中国知网CNKI最新数据，本刊（2019版）复合影响因子：0.575；（2019版）综合影响因子：0.398

2.据中国科学技术信息研究所编的《2019年版中国科技期刊引证报告（核心版）》CJCR，《中国海洋药物》2018年的核心影响因子是0.539。

2017年

1.据中国知网CNKI最新数据，本刊（2018版）复合影响因子：0.672；（2018版）综合影响因子：0.546

2.据中国科学技术信息研究所编的《2018年版中国科技期刊引证报告（核心版）》CJCR，《中国海洋药物》2017年的核心影响因子是0.469。

2016年

1.据中国知网CNKI最新数据，本刊2016年的复合影响因子为0.695。

2.据中国科学技术信息研究所发布的《2017年版的中国科技期刊引证报告（核心板）》CJCR，《中国海洋药物》2016年的核心影响因子为0.411。